咖啡對肝臟的影響
肝臟是各種物質代謝的大本營，包括咖啡因也是在這裡代謝的，所以肝臟處理咖啡因的能力，可以反映出肝臟是否健康。以此推論咖啡可能傷肝，似乎是合理的。但是根據各種研究資料，我們卻發現完全相反的事實。
早期有許多研究，發現用毒素破壞動物肝臟以後，如果同時給予咖啡因，可以減輕肝臟的發炎與損害程度。2005年美國有兩篇重要的研究報告，分別指出喝咖啡可降低肝功能異常的比率，而且每天喝超過兩杯咖啡者，慢性肝病的發生率會下降大約六成，尤其是酒癮、肥胖、糖尿病等病人。這些報告發表在消化科最經典的《腸胃學》國際期刊上，代表主流醫學已經接納咖啡可以「保肝」的看法。
同樣地，咖啡也可以降低肝癌的發生率。2007年一個綜合分析十個相關研究的論文，指出喝咖啡的人罹患肝癌的機率比一般人減少約四～五成。所以，咖啡並不會傷肝。
在慢性B型肝炎盛行的台灣，出現許多咖啡專賣店，說不定是件美事？
咖啡對癌症的影響
曾經有許多人懷疑咖啡可能跟癌症的發生有關，但經過科學的驗證後，卻發現咖啡反而可以降低許多癌症的發生率。
多倫多大學曾經研究將近1700名體內有BRCA1乳癌危險基因的婦女，發現她們每天飲用1～3杯咖啡，可以降低乳癌罹患率一成；如果每天喝6杯以上，乳癌罹患率可以減少約七成。
美國的調查顯示每天喝咖啡的白人女性，皮膚癌發生率約減少一成；如果每天喝超過6杯咖啡，則皮膚癌發生率可下降三成，去除咖啡因的咖啡則無此效果。
日本學者在2007年發表的一篇研究報告，指出每天喝超過3杯咖啡的女性，其大腸癌發生率可下降約六成。但是，在男性身上並無類似發現。
美國哈佛大學醫學院2007年發表的一篇論文，綜合分析13個腎細胞癌的研究資料，發現一天喝超過3杯咖啡的人，比起一天喝不超過一杯者，罹患腎細胞癌的機率降低約16％。茶葉也有類似作用，每天喝超過一杯茶的人，罹癌機率可降低15％。其他包括牛奶、果汁、蘇打等飲料，都沒有這種保護作用。
癌症的發生跟細胞受到外來刺激，進而發生基因失控的後果有關，過度的氧化作用就是一種常見的外來刺激。
目前還不知道咖啡為何可以抑制某些癌症的發生，也還不清楚它是否對更多其他癌症都有作用。但根據目前為止的研究報告，可以推論咖啡防癌的關鍵因素就是它所含的咖啡因成分，而其抗癌作用則來自於咖啡因的抗氧化作用。這樣說來，咖啡不但不傷腎，還會保腎、保皮膚、保大腸、保乳房。
咖啡有抗氧化作用
人體發炎反應會進行許多氧化反應，藉以除去病原、殺滅被感染或癌症化的異常細胞。這些氧化反應一方面幫人體抵禦外侮，也常不小心傷害到自己的細胞。許多疾病的發生都跟這些慢性氧化的傷害有關，尤其是跟老化有關的疾病，例如動脈硬化、癌症等。
咖啡的可能害處
雖然咖啡好像有很多優點，但我們也不可忽略可能的害處。大家都知道咖啡會「傷胃」，如果有消化性潰瘍這方面疾病的人，必須注意不要飲用過量咖啡以免病情惡化。每個人對於咖啡的代謝能力都有些不同，這跟基因的作用有關，如果代謝較慢，喝了就睡不著或出現心臟亂跳的情形，也要小心避免。此外，筆者認為以咖啡可使腦部血管收縮的藥理作用來看，孕婦最好還是避免喝太多咖啡為宜。
年長者，喝過量咖啡也可能與骨質疏鬆症有關，但如果適量地補充鈣質，則可忽略這種影響。咖啡不宜過量
咖啡一直背負著傷身的惡名，其實因為它的抗氧化作用，所以有著「保腎、保肝、固腦」等作用。但任何物品只要過量都可能傷身，所以還是不宜過度飲用，尤其是兒童、孕婦、消化性潰瘍、心律不整等有特殊體質的個人。
